Ne de degradatie uit de eerste klasse heeft de v.v. Arnemuiden elk jaar nog meegedaan voor promotie door een periodetitel te winnen. Ook in de eerste jaren van de eenentwintigste eeuw is het nog niet gelukt om middels zo'n periodetitel terug te keren in die eerste klasse. In 2001 was Dinteloord in de tweede ronde te sterk, in 2002 versperde Nivo Sparta ons de weg naar de tweede ronde, in 2003 nam Groote Lindt de strafschoppen in de tweede ronde beter en in 2004 werd Arnemuiden in de laatste wedstrijd verslagen door VVGZ na overwinningen op SV Capelle en Terneuzense Boys.
In de bekercompetitie werd Arnemuiden eerste in de poule. In de daarop volgende rondes werd gewonnen van Domburg en Duiveland maar de partij tegen Halsteren ging na een 2-2 gelijkspel verloren door strafschoppen.
Op 22 mei 2001 speelde Arnemuiden een benefietwedstrijd tegen FC Den Bosch ten bate van de slachtoffers van de cafébrand in Volendam. Gastspelers waren Gerrie Mühren, Peter van Vossen, Gérard de Nooijer en Arjan Human. De aftrap werd verricht door Dennis de Nooijer.
De seizoenen 2001-2002 en 2003-2004 stonden in het teken van de vele blessures. Vooral langdurige blessures aan de lies en aan de knie kwamen meerdere keren voor. In het seizoen 2001-2002 kwamen 5 spelers uit de eerste selectie op de operatietafel terecht en in het seizoen 2003-2004 waren dat er zelfs 6.
In het seizoen 2004-2005 wist Arnemuiden dan toch weer terug te keren naar de eerste klasse. Na 5 jaar steeds maar weer nacompetitie spelen werd het team met 11 punten voorsprong op nummer 2 De Zwerver kampioen van de tweede klasse. Het tweede elftal deed het verrassend goed in de reserve hoofdklasse. In de beker wist dit team zelfs de finale te halen maar verloor deze door strafschoppen. Het jaar 2005 was ook het jaar van het 60 jarig jubileum. Diverse activiteiten werden georganiseerd. Het eerste team speelde wedstrijden tegen Lucky Ajax en Ajax A1.
Het verblijf in de eerste klasse beperkte zich tot het seizoen 2005-2006. Een matige start leverde slechts 3 punten op in 9 wedstrijden en dat was voor het bestuur de aanleiding om trainer Ad Roovers te ontslaan. Jan Poortvliet werd bereid gevonden om in de resterende periode te proberen om Arnemuiden te behouden voor die eerste klasse. Het zat echter niet altijd mee en uiteindelijk degradeerde de ploeg na één seizoen weer naar de tweede klasse.
Het seizoen 2006-2007 kenmerkte zich vooral door de strijd tussen GPC en Arnemuiden om het kampioenschap. Twee wedstrijden voor het einde stonden beide ploegen nog op gelijke hoogte maar een gelijkspel tegen Bruse Boys en een overwinning van GPC op Zaamslag bracht de Vlissingers aan kop. De laatste wedstrijd wist GPC - zij het met moeite - te winnen van Bruse Boys en de overwinning van Arnemuiden op Zwaluwe mocht dus niet meer baten. Voor de achtste keer kon Arnemuiden aan een nacompetitie beginnen en ook voor de achtste keer mislukte het om op deze manier te promoveren. De weg naar de finale werd versperd door Meerkerk. De uitwedstrijd werd verloren met 2-1 en in de thuiswedstrijd bleven de rood-gelen op 1-1 steken. Jan Poortvliet nam afscheid als trainer en ging aan de slag bij Helmond Sport. Hij werd opgevolgd door Henk Ottens.
Het seizoen 2007-2008 was erg wisselvallig. Goede wedstrijden met klinkende overwinningen tegen o.a. Kapelle met 7-0 en VVC '68 met 5-0 werden afgewisseld met dure nederlagen of gelijke spelen. Liefst zes wedstrijden werden gelijkgespeeld en ook zes maal werd er verloren. De nederlagen op eigen veld tegen de latere degradant AZVV (1-3) en tegen de twee promovendussen Serooskerke (0-2) en Nieuwdorp (1-2) waren erg pijnlijk. De uitwedstrijden tegen deze drie ploegen leverden in alle gevallen slechts een gelijkspel op. Toch wist Arnemuiden op de laatste speeldag nog een periodetitel in de wacht te slepen door bij Oostkapelle knap met 0-2 te winnen. Almkerk werd de tegenstander. In de thuiswedstrijd keek Arnemuiden al bij de rust tegen een 0-3 achterstand aan maar met twee doelpunten in het laatste kwartier en ook nog eens een gemiste strafschop ging men toch hoopvol naar Almkerk toe. Een onterecht gelijkspel betekende weer een langer verblijf in de tweede klasse.
Het seizoen 2008-2009 verliep enigszins teleurstellend. Nadat de supporters jarenlang verwend waren met een aantal nacompetitiewedstrijden was het dit seizoen helaas niet het geval. Net als vorig seizoen werden ook nu weer een aantal wedstrijden onnodig verloren. Vooral tegen de ploegen uit de onderste regionen werden punten verspeeld. Toppunt was de wedstrijd op 25 oktober tegen het op dat moment op de onderste plaats staande VCK welke met 2-4 werd verloren. Aan de andere kant werd dan wel twee keer een overwinning geboekt op de latere kampioen Dinteloord. Er kan dus met recht wederom van een wisselvallig seizoen gesproken worden.
Het seizoen 2009-2010 kan ook de boeken in als een teleurstellend seizoen. Geen nacompetitie en steeds maar weer bivakkeren in het rechter rijtje met aan het eind van de competitie een achtste plaats. Dat is in jaren niet meer voorgekomen. Met slechts 6 overwinningen en 8 gelijke spelen kwam het aantal punten op 26 en het negatieve doelsaldo van 32 voor en 37 tegen was reden om dit seizoen maar gauw te vergeten en de blik maar snel op het nieuwe seizoen te richten.
